Khi nào cơ quan thuế kiểm tra thuế tại doanh nghiệp? Doanh nghiệp hoạt động bao lâu thì bị quyết toán thuế? Cơ quan thuế thường kiểm tra những nội dung nào và kế toán cần chuẩn bị hồ sơ gì? Kế toán Vegas tổng hợp các trường hợp kiểm tra thuế, danh mục chứng từ cần chuẩn bị và kinh nghiệm rà soát sổ sách trước khi cơ quan thuế làm việc với doanh nghiệp.

I. Quyết toán thuế và kiểm tra thuế tại doanh nghiệp là gì?

1. Quyết toán thuế là gì?

Quyết toán thuế là việc xác định số thuế phải nộp, số thuế đã nộp, số thuế còn thiếu hoặc nộp thừa trong một kỳ tính thuế theo quy định. Tùy từng sắc thuế, doanh nghiệp thực hiện kê khai, quyết toán và nộp hồ sơ theo thời hạn tương ứng.

Trong thực tế, nhiều người thường dùng cụm từ “cơ quan thuế xuống quyết toán” để nói về việc cơ quan thuế tiến hành kiểm tra hồ sơ thuế, sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ và các tài liệu liên quan tại trụ sở doanh nghiệp.

Cần phân biệt hai hoạt động:

• Doanh nghiệp tự quyết toán thuế: Doanh nghiệp tự tổng hợp số liệu, lập và nộp hồ sơ quyết toán theo quy định.
• Cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp: Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra theo quyết định, trong phạm vi nội dung và thời kỳ được xác định.

Việc doanh nghiệp nộp hồ sơ quyết toán thuế hằng năm không đồng nghĩa với việc cơ quan thuế sẽ đến kiểm tra trực tiếp ngay sau đó.

2. Căn cứ pháp lý về kiểm tra thuế

Khi tìm hiểu quy định về kiểm tra thuế doanh nghiệp năm 2026, cần lưu ý các văn bản sau:

• Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản sửa đổi, bổ sung có liên quan.
• Nghị định 126/2020/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế, đã được sửa đổi, bổ sung, trong đó có Nghị định 373/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 14/02/2026.
• Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung có liên quan, trong đó có Thông tư 94/2025/TT-BTC và Thông tư 21/2026/TT-BTC.
• Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/07/2023 ban hành quy trình kiểm tra thuế của Tổng cục Thuế.

Khi áp dụng vào hồ sơ cụ thể, doanh nghiệp cần đối chiếu văn bản đang có hiệu lực tại thời điểm thực hiện và xác định đúng loại hình kiểm tra thuế.

II. Khi nào cơ quan thuế kiểm tra, quyết toán thuế tại doanh nghiệp?

Không có quy tắc chung rằng cứ doanh nghiệp hoạt động đủ 5 năm thì cơ quan thuế chắc chắn sẽ xuống quyết toán. Việc lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra phụ thuộc vào quy định pháp luật, kết quả phân tích rủi ro, kế hoạch kiểm tra và các tình huống phát sinh cụ thể.

Theo quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm Quyết định 970/QĐ-TCT, các trường hợp thường được xem xét kiểm tra bao gồm:

1. Kiểm tra dựa trên hồ sơ khai thuế

Cơ quan thuế có thể rà soát hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp để đánh giá tính đầy đủ, hợp lý và chính xác của thông tin đã kê khai.

Một số nội dung có thể được chú ý gồm:

• Doanh thu kê khai có phù hợp với dữ liệu hóa đơn và báo cáo tài chính không;
• Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ có đáp ứng điều kiện hay không;
• Chi phí được trừ khi tính thuế TNDN có đủ căn cứ hay không;
• Số thuế đã khấu trừ, đã nộp và còn phải nộp có khớp với hồ sơ liên quan không;
• Có chênh lệch giữa các kỳ kê khai hoặc giữa hồ sơ thuế với dữ liệu mà cơ quan thuế quản lý hay không.

Nếu hồ sơ phát sinh nội dung cần làm rõ, cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp giải trình, bổ sung tài liệu hoặc xem xét bước kiểm tra tiếp theo theo quy định.

2. Kiểm tra khi có dấu hiệu rủi ro hoặc vi phạm về thuế

Doanh nghiệp có thể được đưa vào diện kiểm tra khi cơ quan thuế phát hiện dấu hiệu bất thường hoặc rủi ro qua công tác quản lý thuế.

Ví dụ:

• Doanh thu kê khai thấp bất thường so với tình hình hoạt động;
• Số thuế GTGT được khấu trừ hoặc đề nghị hoàn có dấu hiệu cần xác minh;
• Chi phí tăng cao nhưng doanh thu giảm mạnh, lợi nhuận âm kéo dài;
• Số liệu trên tờ khai thuế không khớp với báo cáo tài chính hoặc dữ liệu hóa đơn;
• Có dấu hiệu kê khai sai, sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc hạch toán chi phí không đúng quy định.

Đây là những ví dụ để doanh nghiệp chủ động rà soát, không phải cứ xuất hiện một dấu hiệu riêng lẻ là chắc chắn bị kiểm tra tại trụ sở.

3. Kiểm tra theo kế hoạch hoặc chuyên đề

Cơ quan thuế có thể lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra theo kế hoạch hoặc chuyên đề dựa trên việc phân tích, đánh giá rủi ro và yêu cầu quản lý thuế.

Khi lựa chọn đối tượng, cơ quan thuế có thể xem xét mức độ rủi ro, lịch sử tuân thủ và các tiêu chí quản lý khác theo quy trình áp dụng.

Việc doanh nghiệp đã nhiều năm chưa được kiểm tra có thể là một yếu tố được cân nhắc trong quá trình lập kế hoạch, nhưng không có nghĩa mọi doanh nghiệp đều bị kiểm tra sau mỗi 5 năm.

4. Kiểm tra liên quan đến hoàn thuế

Trường hợp doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế, cơ quan thuế có thể kiểm tra trước hoàn thuế hoặc kiểm tra sau hoàn thuế tùy hồ sơ thuộc diện xử lý nào theo pháp luật.

Khi đó, doanh nghiệp nên chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh số thuế đề nghị hoàn, bao gồm hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán, hồ sơ hàng hóa, dịch vụ và các tài liệu liên quan đến điều kiện hoàn thuế.

5. Kiểm tra khi doanh nghiệp thay đổi tình trạng pháp lý hoặc hoạt động

Một số trường hợp cần lưu ý gồm:

• Chia, tách, sáp nhập hoặc hợp nhất doanh nghiệp;
• Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp;
• Giải thể hoặc chấm dứt hoạt động;
• Chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định;
• Chuyển địa điểm kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý;
• Cổ phần hóa hoặc các trường hợp khác thuộc diện kiểm tra theo quy định.

Trong những tình huống này, cơ quan thuế xem xét nghĩa vụ thuế và việc thực hiện thủ tục tương ứng theo quy định áp dụng. Không phải mọi trường hợp thay đổi đăng ký doanh nghiệp đều mặc nhiên dẫn đến kiểm tra trực tiếp tại trụ sở.

6. Kiểm tra đột xuất hoặc theo yêu cầu có thẩm quyền

Ngoài kế hoạch kiểm tra thông thường, cơ quan thuế còn có thể tiến hành kiểm tra trong một số trường hợp như:

• Có đơn tố cáo hoặc thông tin cần xác minh;
• Có chỉ đạo của người có thẩm quyền;
• Kiểm tra theo đề nghị của người nộp thuế trong trường hợp pháp luật quy định;
• Kiểm tra sau khi rà soát hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế và có căn cứ đề xuất;
• Các trường hợp kiểm tra đột xuất khác theo quy định.

7. Doanh nghiệp hoạt động bao lâu thì bị quyết toán thuế?

Đây là câu hỏi được nhiều chủ doanh nghiệp và kế toán quan tâm.

Thực tế, không có mốc thời gian cố định áp dụng cho tất cả doanh nghiệp theo nguyên tắc “đủ 5 năm là cơ quan thuế xuống quyết toán”. Việc lựa chọn kiểm tra được thực hiện theo quy định và cơ chế quản lý rủi ro.

Vì vậy, doanh nghiệp mới thành lập vẫn cần thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, lưu trữ hồ sơ và ghi chép kế toán đầy đủ. Ngược lại, doanh nghiệp đã hoạt động nhiều năm cũng không nên chủ quan chỉ vì chưa từng được kiểm tra.

III. Cơ quan thuế kiểm tra những gì tại doanh nghiệp?

Khi kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp, phạm vi kiểm tra được xác định theo quyết định kiểm tra và các quy định liên quan. Những nội dung thường cần chuẩn bị gồm:

1. Kiểm tra hồ sơ khai thuế

Cơ quan thuế có thể đối chiếu các hồ sơ đã nộp, chẳng hạn:

• Tờ khai thuế GTGT;
• Hồ sơ quyết toán thuế TNDN;
• Hồ sơ khai và quyết toán thuế TNCN;
• Hồ sơ khai các loại thuế khác nếu doanh nghiệp có nghĩa vụ;
• Hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế hoặc giảm thuế nếu phát sinh;
• Chứng từ nộp tiền thuế và dữ liệu theo dõi nghĩa vụ thuế.

Mục tiêu là xác định số liệu kê khai có phù hợp với sổ kế toán, hóa đơn và tài liệu chứng minh giao dịch hay không.

2. Kiểm tra hóa đơn và chứng từ kế toán

Cơ quan thuế có thể kiểm tra tính hợp pháp, hợp lý và tính liên quan của hóa đơn, chứng từ đối với hoạt động kinh doanh.

Một số nội dung cần rà soát:

• Hóa đơn đầu vào, đầu ra có đầy đủ thông tin và được xử lý theo quy định không;
• Hóa đơn có phản ánh giao dịch thực tế hay không;
• Hợp đồng, biên bản nghiệm thu, bàn giao và chứng từ thanh toán có phù hợp với hóa đơn không;
• Chứng từ thu, chi, nhập kho, xuất kho có khớp với nghiệp vụ kinh tế phát sinh không;
• Hóa đơn điều chỉnh, thay thế hoặc xử lý sai sót có đầy đủ hồ sơ liên quan không.

3. Kiểm tra sổ sách kế toán và báo cáo tài chính

Kế toán nên chuẩn bị sổ tổng hợp, sổ chi tiết và báo cáo tài chính của các kỳ thuộc phạm vi kiểm tra.

Cơ quan thuế có thể đối chiếu:

• Sổ nhật ký chung và sổ cái các tài khoản;
• Sổ chi tiết doanh thu, chi phí và công nợ;
• Sổ quỹ tiền mặt, sổ tiền gửi ngân hàng;
• Bảng cân đối số phát sinh;
• Báo cáo tài chính;
• Các bảng phân bổ, bảng tính và hồ sơ kế toán có liên quan.

Đặc biệt, cần kiểm tra sự thống nhất giữa số liệu kế toán, số liệu trên báo cáo tài chính và số liệu dùng để kê khai thuế.

4. Kiểm tra doanh thu và chi phí tính thuế TNDN

Đây là phần doanh nghiệp nên rà soát kỹ trước khi cơ quan thuế làm việc.

Đối với doanh thu:

• Đối chiếu doanh thu ghi nhận trên sổ kế toán với hóa đơn đã lập;
• Kiểm tra thời điểm ghi nhận doanh thu;
• Rà soát doanh thu chưa xuất hóa đơn hoặc các giao dịch có cách xử lý đặc thù;
• Kiểm tra doanh thu tài chính, thu nhập khác và các khoản điều chỉnh liên quan.

Đối với chi phí:

• Kiểm tra chi phí có liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh không;
• Kiểm tra hóa đơn, chứng từ và hồ sơ chứng minh giao dịch;
• Đối chiếu điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt khi pháp luật yêu cầu;
• Rà soát chi phí lương, khấu hao tài sản cố định, chi phí phân bổ, chi phí lãi vay và chi phí trích trước;
• Phân loại các khoản chi phí được trừ và không được trừ khi tính thuế TNDN.

5. Kiểm tra thuế GTGT và thuế TNCN

Đối với thuế GTGT, cần kiểm tra việc kê khai doanh thu, thuế đầu ra, thuế đầu vào được khấu trừ và điều kiện khấu trừ tương ứng.

Đối với thuế TNCN, doanh nghiệp nên đối chiếu:

• Hợp đồng lao động và hồ sơ người lao động;
• Bảng lương, bảng chấm công và chứng từ thanh toán lương;
• Khoản thu nhập chịu thuế, khoản được miễn hoặc không tính thuế theo quy định;
• Hồ sơ đăng ký người phụ thuộc và giảm trừ gia cảnh;
• Số thuế đã khấu trừ, đã nộp và số liệu trên hồ sơ quyết toán.

6. Kiểm tra tài sản, hàng tồn kho và công nợ

Các khoản mục này có thể ảnh hưởng trực tiếp đến doanh thu, chi phí và lợi nhuận tính thuế.

Doanh nghiệp nên chuẩn bị:

• Danh sách tài sản cố định, hồ sơ mua sắm và biên bản bàn giao;
• Bảng tính khấu hao tài sản cố định;
• Sổ theo dõi công cụ, dụng cụ và chi phí trả trước;
• Bảng tổng hợp nhập – xuất – tồn kho;
• Biên bản kiểm kê hàng tồn kho, nếu có;
• Hồ sơ đối chiếu công nợ phải thu và phải trả;
• Tài liệu giải trình các khoản công nợ lâu ngày hoặc có số dư bất thường.

7. Kiểm tra việc giải trình và khắc phục sai sót

Khi phát hiện chênh lệch hoặc yêu cầu làm rõ, doanh nghiệp cần cung cấp hồ sơ, giải trình theo nội dung được yêu cầu và phạm vi kiểm tra.

Kế toán nên chuẩn bị bảng đối chiếu số liệu, tài liệu chứng minh giao dịch và phần giải thích nguyên nhân chênh lệch. Nếu phát hiện sai sót, cần đánh giá cách xử lý phù hợp với quy định thay vì tự ý sửa số liệu mà không có căn cứ.

IV. Hồ sơ quyết toán thuế doanh nghiệp cần chuẩn bị

Để việc kiểm tra thuế diễn ra thuận lợi, doanh nghiệp nên xây dựng bộ hồ sơ theo từng năm, từng kỳ kê khai và từng nhóm nghiệp vụ. Danh mục dưới đây là danh sách rà soát thực tế; hồ sơ phải cung cấp cụ thể sẽ phụ thuộc nội dung và thời kỳ ghi trong quyết định kiểm tra.

1. Sắp xếp hóa đơn và chứng từ gốc

Doanh nghiệp nên phân loại chứng từ theo tháng hoặc quý, theo nghiệp vụ và theo từng nhóm thuế.

Đối với nghiệp vụ bán hàng:

• Hóa đơn bán hàng hoặc hóa đơn GTGT;
• Hợp đồng kinh tế, đơn đặt hàng nếu có;
• Phiếu xuất kho hoặc hồ sơ giao nhận hàng hóa;
• Biên bản nghiệm thu, bàn giao hoặc thanh lý hợp đồng nếu có;
• Phiếu thu, giấy báo Có hoặc chứng từ thanh toán;
• Hồ sơ đối chiếu công nợ với khách hàng.

Đối với nghiệp vụ mua hàng và dịch vụ:

• Hóa đơn đầu vào;
• Hợp đồng mua hàng hoặc hợp đồng dịch vụ;
• Phiếu nhập kho, biên bản giao nhận hoặc nghiệm thu;
• Đề nghị thanh toán, phiếu chi hoặc chứng từ chuyển khoản;
• Biên bản thanh lý hợp đồng nếu có;
• Tài liệu chứng minh mục đích sử dụng hàng hóa, dịch vụ trong hoạt động kinh doanh.

Đối với hàng bán trả chậm hoặc trả góp:

• Hợp đồng mua bán quy định phương thức thanh toán;
• Hóa đơn và chứng từ giao nhận;
• Hồ sơ theo dõi các khoản phải thu;
• Chứng từ thu tiền theo từng đợt và tài liệu hạch toán liên quan.

Không nên hiểu rằng mọi chứng từ đều bắt buộc phải đóng dấu hoặc công chứng. Hình thức, chữ ký, dấu và điều kiện lưu trữ cần thực hiện theo loại chứng từ và quy định pháp luật áp dụng.

2. Chuẩn bị hồ sơ khai thuế đã nộp

Doanh nghiệp nên lưu đầy đủ hồ sơ khai thuế theo từng kỳ, gồm:

Hồ sơ theo tháng hoặc quý, tùy nghĩa vụ kê khai:

• Tờ khai thuế GTGT và phụ lục liên quan nếu có;
• Hồ sơ khai thuế TNCN và bảng kê liên quan nếu có;
• Các tờ khai thuế khác phát sinh theo hoạt động kinh doanh;
• Chứng từ nộp tiền thuế;
• Hồ sơ giải trình, bổ sung hoặc điều chỉnh đã thực hiện.

Hồ sơ theo năm:

• Báo cáo tài chính;
• Hồ sơ quyết toán thuế TNDN;
• Hồ sơ quyết toán thuế TNCN trong trường hợp doanh nghiệp có trách nhiệm quyết toán;
• Hồ sơ hoàn thuế nếu có;
• Các phụ lục, bảng tính và tài liệu giải trình số liệu quyết toán.

Doanh nghiệp cần đối chiếu phiên bản hồ sơ đã nộp thực tế trên hệ thống thuế điện tử, bao gồm cả hồ sơ bổ sung hoặc thay thế, thay vì chỉ lưu bản dự thảo nội bộ.

3. Chuẩn bị hệ thống sổ sách kế toán

Tùy chế độ kế toán áp dụng và quy mô hoạt động, doanh nghiệp cần chuẩn bị các sổ kế toán có liên quan, chẳng hạn:

• Sổ nhật ký chung và các sổ nhật ký khác nếu sử dụng;
• Sổ cái các tài khoản kế toán;
• Sổ chi tiết tiền mặt và tiền gửi ngân hàng;
• Sổ chi tiết công nợ phải thu khách hàng, phải trả nhà cung cấp;
• Sổ theo dõi doanh thu, giá vốn và chi phí;
• Sổ theo dõi tài sản cố định, công cụ dụng cụ và chi phí trả trước;
• Sổ chi tiết hàng tồn kho, vật tư và hàng hóa;
• Bảng cân đối số phát sinh;
• Các bảng tổng hợp và bảng phân bổ phục vụ lập báo cáo tài chính.

Không phải mọi doanh nghiệp đều phải có đầy đủ mọi loại sổ trong danh sách trên. Kế toán cần căn cứ chế độ kế toán, hình thức sổ và nghiệp vụ thực tế để chuẩn bị đúng tài liệu cần thiết.

4. Hồ sơ tài sản cố định, công cụ dụng cụ và hàng tồn kho

Nhóm hồ sơ này nên được sắp xếp riêng để dễ tra cứu khi cần giải trình.

Đối với tài sản cố định:

• Hóa đơn mua tài sản và hợp đồng;
• Biên bản bàn giao, nghiệm thu;
• Hồ sơ chứng minh quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng nếu có;
• Quyết định đưa tài sản vào sử dụng;
• Bảng tính khấu hao và sổ theo dõi tăng, giảm tài sản.

Đối với công cụ dụng cụ và chi phí trả trước:

• Hồ sơ mua sắm;
• Biên bản bàn giao hoặc xuất dùng;
• Bảng phân bổ chi phí;
• Sổ theo dõi giá trị còn phân bổ.

Đối với hàng tồn kho:

• Phiếu nhập kho, xuất kho;
• Bảng tổng hợp nhập – xuất – tồn;
• Biên bản kiểm kê;
• Hồ sơ xử lý hàng hỏng, thiếu hụt, mất phẩm chất hoặc chênh lệch tồn kho nếu phát sinh.

5. Hợp đồng kinh tế và hồ sơ giao dịch

Doanh nghiệp nên sắp xếp hợp đồng mua vào, bán ra và hợp đồng dịch vụ theo thời gian, đối tác hoặc mã giao dịch.

Các hồ sơ liên quan có thể bao gồm:

• Hợp đồng, phụ lục hợp đồng;
• Đơn đặt hàng, báo giá hoặc xác nhận giao dịch;
• Biên bản nghiệm thu, bàn giao;
• Biên bản đối chiếu công nợ;
• Biên bản thanh lý hợp đồng nếu có;
• Chứng từ thanh toán;
• Tài liệu chứng minh việc thực hiện hợp đồng trên thực tế.

Với các giao dịch có giá trị lớn hoặc có điều kiện đặc thù, nên chuẩn bị thêm hồ sơ giải thích bản chất giao dịch và căn cứ hạch toán.

6. Hồ sơ lao động, tiền lương và bảo hiểm

Đối với doanh nghiệp có sử dụng lao động, kế toán nên rà soát:

• Hợp đồng lao động và phụ lục hợp đồng;
• Hồ sơ thông tin người lao động;
• Quyết định tuyển dụng, bổ nhiệm, điều chuyển hoặc điều chỉnh lương nếu có;
• Quy chế tiền lương, thưởng và các chính sách liên quan;
• Bảng chấm công, bảng lương;
• Chứng từ thanh toán lương;
• Hồ sơ đăng ký người phụ thuộc và các chứng từ phục vụ tính thuế TNCN;
• Hồ sơ bảo hiểm xã hội và các khoản trích theo lương có liên quan.

Cần đối chiếu số liệu bảng lương với sổ kế toán, chứng từ chi trả và hồ sơ khai thuế TNCN để phát hiện chênh lệch trước khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.

7. Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp

Tùy tình trạng và loại hình doanh nghiệp, cần chuẩn bị các tài liệu liên quan như:

• Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc thông tin đăng ký doanh nghiệp hiện hành;
• Hồ sơ đăng ký thuế và thông tin người đại diện theo pháp luật;
• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư nếu thuộc trường hợp phải có;
• Điều lệ, quyết định bổ nhiệm hoặc các quyết định nội bộ có liên quan;
• Hồ sơ thay đổi địa chỉ, vốn, ngành nghề hoặc người đại diện nếu phát sinh;
• Văn bản trao đổi, công văn giải trình với cơ quan thuế;
• Quyết định, biên bản hoặc kết luận kiểm tra thuế trước đây nếu có.

Doanh nghiệp nên lưu cả tài liệu điện tử và bản giấy khi cần thiết, đồng thời bảo đảm tài liệu có thể truy xuất trong thời gian lưu trữ theo quy định.

8. Các bảng đối chiếu cần hoàn thành trước khi kiểm tra

Trước khi làm việc với cơ quan thuế, kế toán nên lập bảng đối chiếu giữa các nguồn dữ liệu sau:

• Hóa đơn đầu ra với doanh thu trên sổ kế toán và tờ khai thuế;
• Hóa đơn đầu vào với chi phí, hàng tồn kho, tài sản hoặc khoản mục được ghi nhận;
• Tờ khai thuế với chứng từ nộp thuế;
• Báo cáo tài chính với sổ cái và bảng cân đối số phát sinh;
• Công nợ trên sổ kế toán với biên bản xác nhận hoặc đối chiếu công nợ;
• Bảng lương với chi phí tiền lương, chứng từ thanh toán và hồ sơ thuế TNCN;
• Bảng tính khấu hao, phân bổ với chi phí kế toán và chi phí được trừ khi tính thuế.

Nếu phát hiện chênh lệch, cần xác định nguyên nhân và chuẩn bị tài liệu giải trình, xử lý theo đúng quy định trước khi cung cấp thông tin.

V. Kinh nghiệm chuẩn bị trước khi cơ quan thuế kiểm tra thuế

Để giảm thời gian xử lý hồ sơ và hạn chế sai sót, doanh nghiệp có thể thực hiện các bước sau.

1. Đọc kỹ quyết định kiểm tra thuế

Khi nhận quyết định, doanh nghiệp cần kiểm tra cơ quan ban hành, phạm vi kiểm tra, thời kỳ kiểm tra, nội dung kiểm tra và các yêu cầu liên quan.

Doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ theo đúng phạm vi được yêu cầu, đồng thời sẵn sàng cung cấp tài liệu liên quan theo quy định khi có yêu cầu hợp lệ.

2. Rà soát số liệu trước khi cung cấp

Không nên chờ đến khi đoàn kiểm tra làm việc mới bắt đầu đối chiếu sổ sách. Kế toán nên kiểm tra trước các khoản mục có ảnh hưởng lớn đến nghĩa vụ thuế, như doanh thu, giá vốn, chi phí quản lý, chi phí lãi vay, công nợ và thuế GTGT đầu vào.

3. Phân loại chứng từ khoa học

Nên lưu hồ sơ theo từng năm, từng tháng hoặc quý và từng nghiệp vụ. Tên file điện tử cần rõ ràng, thống nhất; hồ sơ giấy nên có danh mục để tra cứu nhanh.

Cách sắp xếp này giúp doanh nghiệp giảm nguy cơ thiếu chứng từ hoặc mất thời gian tìm kiếm khi được yêu cầu giải trình.

4. Chuẩn bị người phụ trách giải trình

Doanh nghiệp nên phân công rõ người phụ trách kế toán, hóa đơn, tiền lương, kho và các nghiệp vụ chuyên môn khác. Khi cơ quan thuế yêu cầu làm rõ, người phụ trách cần trả lời trên cơ sở số liệu và hồ sơ đã kiểm tra, tránh cung cấp thông tin mâu thuẫn giữa các bộ phận.

5. Xử lý sai sót có căn cứ

Nếu phát hiện kê khai sai, hạch toán chưa phù hợp hoặc hồ sơ còn thiếu, doanh nghiệp cần xác định bản chất sai sót, đánh giá nghĩa vụ kê khai bổ sung và xử lý theo quy định hiện hành.

Không nên tự ý lập lại, sửa chữa hoặc bổ sung chứng từ theo cách làm sai lệch bản chất giao dịch đã phát sinh.

6. Lưu trữ hồ sơ và dữ liệu điện tử

Ngoài hóa đơn, chứng từ giấy, doanh nghiệp cần bảo đảm dữ liệu kế toán, hóa đơn điện tử, tờ khai thuế và tài liệu giao dịch được lưu trữ, sao lưu và truy xuất được khi cần.

Đối với doanh nghiệp sử dụng phần mềm kế toán, nên chuẩn bị khả năng xuất sổ, bảng kê và dữ liệu theo thời kỳ để phục vụ đối chiếu.

VI. Những câu hỏi thường gặp về quyết toán thuế doanh nghiệp

1. Doanh nghiệp hoạt động 5 năm có chắc chắn bị cơ quan thuế quyết toán không?

Không. Việc đã nhiều năm chưa được kiểm tra có thể được xem xét khi lập kế hoạch theo quy trình quản lý rủi ro, nhưng không phải quy định bắt buộc cứ đủ 5 năm là mọi doanh nghiệp đều bị kiểm tra tại trụ sở.

2. Doanh nghiệp mới thành lập có thể bị kiểm tra thuế không?

Có thể. Việc lựa chọn kiểm tra không chỉ căn cứ vào thời gian hoạt động mà còn phụ thuộc hồ sơ khai thuế, dấu hiệu rủi ro, tình huống phát sinh và các căn cứ theo quy định pháp luật.

3. Cơ quan thuế kiểm tra những năm nào?

Thời kỳ kiểm tra được xác định trong quyết định kiểm tra thuế và thực hiện theo quy định liên quan. Doanh nghiệp cần đọc kỹ phạm vi, thời kỳ và nội dung được ghi trong quyết định, không nên mặc định cơ quan thuế chỉ kiểm tra năm gần nhất.

4. Doanh nghiệp cần in toàn bộ sổ sách kế toán để chuẩn bị không?

Việc chuẩn bị sổ sách phải căn cứ chế độ kế toán áp dụng, hình thức lưu trữ và yêu cầu hợp lệ trong quá trình kiểm tra. Doanh nghiệp cần bảo đảm sổ sách và dữ liệu kế toán đầy đủ, truy xuất được, đồng thời cung cấp tài liệu theo phạm vi được yêu cầu; không nên mặc định mọi doanh nghiệp đều phải in và đóng dấu toàn bộ sổ sách trong mọi tình huống.

5. Có nên rà soát hồ sơ thuế trước khi cơ quan thuế đến kiểm tra?

Có. Việc chủ động kiểm tra sổ sách, hóa đơn, chứng từ và hồ sơ khai thuế giúp doanh nghiệp phát hiện chênh lệch, chuẩn bị tài liệu giải trình và xử lý sai sót đúng quy định.

Kết luận

Việc cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp có thể phát sinh từ kế hoạch kiểm tra, kết quả đánh giá rủi ro, hồ sơ hoàn thuế hoặc những trường hợp cụ thể theo pháp luật. Vì vậy, doanh nghiệp không nên chỉ chuẩn bị hồ sơ khi nhận được thông báo kiểm tra mà cần duy trì việc đối chiếu và lưu trữ chứng từ thường xuyên.

Nếu doanh nghiệp cần hỗ trợ rà soát sổ sách, đối chiếu hóa đơn, kiểm tra chi phí được trừ hoặc chuẩn bị hồ sơ làm việc với cơ quan thuế, Kế toán Vegas có thể hỗ trợ doanh nghiệp kiểm tra và hoàn thiện hồ sơ theo tình hình thực tế.

>>> Giải thể tại Ba Đình – Hà Nội

>>> Giải thể tại Giảng Võ – Hà Nội